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글을 쓴 사람 이대승
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글 10편
[Spatial at Scale – Part 8] 2030년, ‘Spatial’은 독립된 분야가 아닐 수 있다
어떤 기술의 대중화가 완성되는 순간은 모두가 그 이름을 말할 때가 아니라, 그 기술을 의식하지 않고 일상의 의사결정에 사용할 때다. 2030년의 신약개발 회의를 상상해 보자. 연구팀이 새로운 표적을 검토하면 시스템은 종양과 정상조직에서의 발현, 세포별 위치, 환자 간 변이와 주변 면역세포를 함께 보여준다.
[Spatial at Scale – Part 7] 마지막 병목은 신뢰다
공간생물학의 최종 산출물은 지도가 아니다. 다른 사람도 재현하고 신뢰할 수 있는 의사결정이다. 같은 조직을 두 개의 공간전사체 플랫폼으로 분석하면 결과가 완전히 같을까. 동일한 원본 데이터를 서로 다른 분석 pipeline에 넣으면 같은 세포 유형과 바이오마커가 도출될까.
[Spatial at Scale – Part 6] No-code만으로 분석은 대중화되지 않는다
분석의 대중화란 복잡성을 감추는 것이 아니라, 더 많은 사람이 그 복잡성을 검토할 수 있게 만드는 것이다. 공간전사체 실험이 끝나도 연구자의 일은 끝나지 않는다. 서버를 준비하고, 대용량 파일을 옮기고, 분석 패키지의 버전을 맞춰야 한다. 실행되지 않는 코드를 수정하고 메모리 부족을 해결한 뒤에야 조직을 분석해 낸 결과를 열어볼 수 있다.
[Spatial at Scale – Part 5] 데이터 폭발: 파일보다 먼저 메모리가 무너진다
공간생물학의 다음 병목은 생물학이 아니라 ‘메모리’일 수 있다. 공간전사체 데이터가 저장된 파일의 크기를 확인하고 충분한 디스크를 준비한다. 분석을 시작하자 작업은 예상보다 오래 걸리고, 어느 순간 메모리 부족으로 중단된다. GPU를 추가해도 속도는 크게 개선되지 않는다.
[Spatial at Scale – Part 4] 실험의 성공을 ‘좋은 손’에만 맡길 수 없는 이유
귀한 환자 조직을 슬라이드에 올린 연구자는 실험이 끝날 때까지 긴장을 놓기 어렵다. 조직 절편이 손상되거나, 전처리 조건이 조금만 달라지거나, staining과 imaging 과정에서 예상하지 못한 문제가 발생하면 다시 시작해야 할 수 있기 때문이다. 일반적인 시약이라면 재실험하면 된다. 그러나 특정 치료 시점에 한 번만 채취된 생검이나 희귀암 조직은...
[Spatial at Scale - Part 3] Tissue는 샘플이 아니라 Context다
공간생물학에서 맥락은 실험이 끝난 뒤 덧붙이는 metadata가 아니다. 맥락 자체가 측정의 일부다. 같은 폐암 조직 두 장을 공간전사체로 분석했다고 가정해 보자. 한 조직은 치료 전 원발성 종양에서, 다른 조직은 여러 치료를 거친 뒤 전이 병변에서 채취되었다. 기술적으로는 동일한 유전자와 세포를 측정했더라도 두 결과가 의미하는 바는 전혀 다를 수 있...
[Spatial at Scale - Part 2] 더 많이 보는 것에서 더 나은 결정으로
공간전사체의 대중화는 공간 데이터가 중요한 의사결정을 바꾸는 순간부터 시작된다. 공간전사체 결과를 처음 접하면 누구나 감탄하게 된다. 조직 안에서 암세포와 면역세포의 위치가 드러나고, 같은 종양 안에서도 서로 다른 생물학적 상태가 공존하는 모습이 보인다. 기존의 벌크 분석이나 단일세포 분석에서는 사라졌던 공간적 맥락이 복원된다.
[Spatial at Scale - Part 1] 공간전사체의 대중화를 가로막는 것은 무엇인가
공간전사체의 대중화를 가로막는 것은 무엇인가 공간전사체에는 해상도 문제만 있는 것이 아니다. 발견에서 의사결정까지 이어지는 전체 시스템의 문제가 있다. 현미경 화면 위에 수백만 개, 나아가 수천만 개의 세포가 나타난다. 유전자 발현은 조직의 좌표와 연결되고, 암세포와 면역세포가 어디에서 만나고 멀어지는지도 보인다.
손떨림이 AI를 망친다: 포트래이가 에이블랩스와 공간전사체(Visium HD) 자동화 시스템을 만드는 이유
조직 내 세포의 위치와 유전자 발현을 동시에 분석하는 공간전사체(Spatial Transcriptomics)는 정밀 종양학의 판도를 바꾸고 있다. 그러나 화려한 AI 분석 결과의 이면에는 외면하기 힘든 현실이 있다. 고도의 정밀성을 요구하는 Visium HD 전처리 과정이 여전히 인간의 수작업에 전적으로 의존하고 있다는 점이다.
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